Prophage Finder Output Genome file: temp/chlorochromatiumlc.txt Sequence Header: >Contig1 Genome size: 2572079 Host's GC content: 44.28 Predicted Codon Position GC: 1st: 54.13 2nd: 38.66 3rd: 42.62 >PredictedProphage1 Length: 30426 Number of hits = 7 GC Coding First Second Third 47.72 47.42 52.40 50.52 39.35 Codon Usage: AA Codon Total Percent Leu TTG 75 0.188442211055276 Leu TTA 54 0.135678391959799 Leu CTG 44 0.110552763819095 Leu CTA 8 0.0201005025125628 Leu CTT 182 0.457286432160804 Leu CTC 35 0.0879396984924623 Lys AAG 64 0.520325203252033 Lys AAA 59 0.479674796747967 Glu GAG 57 0.351851851851852 Glu GAA 105 0.648148148148148 Gln CAG 8 0.073394495412844 Gln CAA 101 0.926605504587156 End TGA 0 0 End TAG 0 0 End TAA 0 0 His CAT 22 0.6875 His CAC 10 0.3125 Asn AAT 223 0.553349875930521 Asn AAC 180 0.446650124069479 Ser AGT 165 0.264 Ser AGC 282 0.4512 Ser TCG 37 0.0592 Ser TCA 83 0.1328 Ser TCT 27 0.0432 Ser TCC 31 0.0496 Trp TGG 8 1 Ala GCG 70 0.111111111111111 Ala GCA 296 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Predicted Gene Sequences: >PredictedProphage1 -Hit 1 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>PredictedProphage1 -Hit 2 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>PredictedProphage1 -Hit 3 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>PredictedProphage1 -Hit 4 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>PredictedProphage1 -Hit 5 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>PredictedProphage1 -Hit 6 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>PredictedProphage1 -Hit 7 GCGAATGGCAATCTTACGCTTGGCACTGCCGTCAGTTCAACGGGTGGCAACATTAGCCTTGTAAGCGGTGGCAACTTCGAGCAAAGTGCAGTTATGGTAAGTGCAACAGGATCAGGTACGATTGATGTACGAGTAAGCGGTAGCATGACGATGGTGGATGGTGCTGAAATCACGTCAGTCAGTGGCAACATCCGTCTTACTGTAACGAACGGGTTGCAACTTGGCGCACTCAGCACAAGCGGCGATGTGAGCATCAGTGCATCAACGATAACAGATGCTGGAACGGGCGTAAGCGACACGGTAAACATCAGCGCTGATGAGGTCTATCTCAGCAGCACAAGCAGTGTCAACGGTGCAGGTATTGGAACAGGCAGCAATCATATTGAGCTGAATGCGAGCAAGCTTGCGGCTTCTGTAAGTGGTCAAGGTGGCATGTATATCACCGAAAGCGATGGCTTGCAAATTGGTACACTTGATGCTATAAACGTCAAGAAGGTTTCAAGCGATGGCTTGTCAACAGTGTCCACAGCCGACACAGCACAATCGAACATCAGCAGTGCTGGTAACCTCGTGATTGTAATAACGGTAGGCAACATCGAAACGCTTGCGGTAGGAGGTACACTGACAGCGGCAGGTAACATGTTGCTTGATGCAAAAGCCAACCTCATGCTTGGCGCAGCA Predicted Protein Sequences: >PredictedProphage1 -Hit 1 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>PredictedProphage1 -Hit 7 ANGNLTLGTAVSSTGGNISLVSGGNFEQSAVMVSATGSGTIDVRVSGSMTMVDGAEITSVSGNIRLTVTNGLQLGALSTSGDVSISASTITDAGTGVSDTVNISADEVYLSSTSSVNGAGIGTGSNHIELNASKLAASVSGQGGMYITESDGLQIGTLDAINVKKVSSDGLSTVSTADTAQSNISSAGNLVIVITVGNIETLAVGGTLTAAGNMLLDAKANLMLGAA >PredictedProphage2 Length: 34833 Number of hits = 9 GC Coding First Second Third 46.47 46.95 53.21 50.50 37.14 Codon Usage: AA Codon Total Percent Leu TTG 96 0.18860510805501 Leu TTA 95 0.18664047151277 Leu CTG 50 0.0982318271119843 Leu CTA 13 0.0255402750491159 Leu CTT 208 0.408644400785855 Leu CTC 47 0.0923379174852652 Lys AAG 72 0.496551724137931 Lys AAA 73 0.503448275862069 Glu GAG 80 0.4 Glu GAA 120 0.6 Gln CAG 16 0.111111111111111 Gln CAA 128 0.888888888888889 End TGA 0 0 End TAG 0 0 End TAA 0 0 His CAT 27 0.574468085106383 His CAC 20 0.425531914893617 Asn AAT 275 0.565843621399177 Asn AAC 211 0.434156378600823 Ser AGT 197 0.279829545454545 Ser AGC 240 0.340909090909091 Ser TCG 56 0.0795454545454545 Ser TCA 119 0.169034090909091 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Predicted Gene Sequences: >PredictedProphage2 -Hit 1 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>PredictedProphage2 -Hit 2 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>PredictedProphage2 -Hit 3 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>PredictedProphage2 -Hit 5 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>PredictedProphage2 -Hit 8 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>PredictedProphage2 -Hit 9 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KIGVLIQEARKKQHLTQEQLAEKVGTTKNYISRIENNASDIRLSTLMRI >PredictedProphage4 -Hit 4 IRINFIKVKNYRSFGEEQEFTFPNRDYKKPIAIVGYNNSGKTNLMNSILYGVGNKFIQTNTFERNDLHNLDYTNQIRIRIELQGSDFTCPQYWDRQSNSYRTTKSITGTYEITTEIDDSELKSGMQPSMFGMNKHYNIFYINFHNIKDEIKTQRTSWGNLTSFLAKHIKSIVDTDTSMAAKKEDYENEVELATDKVLKNSQLSAFIDKIKENYSTNLRNNSCEVKFGLPDYEDIFLQMIFKVGLNGDNANLIPIDHFGDGYISMFVMAVIQAIAESNTDDRCLFLFEEPESFLHENHQEYFYKTVLCNLAEKGHQVIYTTHSDRMVDIFNTKSIIRIELEEQDKQTVVKYNNVGEFSPTMPTNSNGQEIISFANFNSYIKSVEPNLNKILFSRKVVLVEGPNDILAYKIAIEREVEKAHGDKKYAETYLSFLNIAFVVHHGKATAYLLIELCKHFGLDYFVINDWDFETDFVTDLANFQDENTLKQDNLYLKDGADDRSSNSKAMITTNWKLLNNSGIDKI >PredictedProphage4 -Hit 5 DIWEFKDPQYPIYPTEKNSDLLDLIITTSSNPNSIVLDCFCGSGTTLKSAHFLQRQWIGIDQSPHAIEATINKFSDI