Prophage Finder Output Genome file: C:\Documents and Settings\Rob\My Documents\Phage\ProphageFinderResults\anabenavar.txt Sequence Header: >Contig232 Genome size: 6365727 Host's GC content: 41.42 Predicted Codon Position GC: 1st: 52.37 2nd: 37.88 3rd: 37.78 >PredictedProphage1 Length: 7086 Number of hits = 5 GC Coding First Second Third 38.29 36.32 47.59 36.90 24.48 Codon Usage: AA Codon Total Percent Leu TTG 9 0.1125 Leu TTA 42 0.525 Leu CTG 3 0.0375 Leu CTA 6 0.075 Leu CTT 16 0.2 Leu CTC 4 0.05 Lys AAG 13 0.206349206349206 Lys AAA 50 0.793650793650794 Glu GAG 11 0.196428571428571 Glu GAA 45 0.803571428571429 Gln CAG 4 0.137931034482759 Gln CAA 25 0.862068965517241 End TGA 0 0 End TAG 0 0 End TAA 0 0 His CAT 17 0.80952380952381 His CAC 4 0.19047619047619 Asn AAT 39 0.8125 Asn AAC 9 0.1875 Ser AGT 12 0.222222222222222 Ser AGC 8 0.148148148148148 Ser TCG 3 0.0555555555555556 Ser TCA 13 0.240740740740741 Ser TCT 14 0.259259259259259 Ser TCC 4 0.0740740740740741 Trp TGG 10 1 Ala GCG 12 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>PredictedProphage2 Length: 14223 Number of hits = 8 GC Coding First Second Third 37.64 37.02 50.59 35.06 25.41 Codon Usage: AA Codon Total Percent Leu TTG 14 0.197183098591549 Leu TTA 29 0.408450704225352 Leu CTG 4 0.0563380281690141 Leu CTA 8 0.112676056338028 Leu CTT 12 0.169014084507042 Leu CTC 4 0.0563380281690141 Lys AAG 5 0.142857142857143 Lys AAA 30 0.857142857142857 Glu GAG 11 0.207547169811321 Glu GAA 42 0.792452830188679 Gln CAG 6 0.136363636363636 Gln CAA 38 0.863636363636364 End TGA 0 0 End TAG 0 0 End TAA 0 0 His CAT 4 0.333333333333333 His CAC 8 0.666666666666667 Asn AAT 40 0.784313725490196 Asn AAC 11 0.215686274509804 Ser AGT 13 0.232142857142857 Ser AGC 3 0.0535714285714286 Ser TCG 1 0.0178571428571429 Ser TCA 10 0.178571428571429 Ser TCT 26 0.464285714285714 Ser TCC 3 0.0535714285714286 Trp TGG 11 1 Arg AGG 3 0.111111111111111 Arg AGA 6 0.222222222222222 Arg CGG 1 0.037037037037037 Arg CGA 2 0.0740740740740741 Arg CGT 6 0.222222222222222 Arg CGC 9 0.333333333333333 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Predicted Gene Sequences: >PredictedProphage1 -Hit 1 CCTACATTGGTGACGACGCGATCGCGCTCTGAGGTTTTGGAAGCTGCTGCTGTATCAGGTTTTGTTCCCACAGTTGCATCTCAGTCTGGGTACTATCCCAGCACGAACAGGTCAGACCCCAGGGAGCGCAGTCAGTTTGATGGTGGTGAAAAAGTCGCCAGTGTGATTGGTGGTATTGGGCCTGATGAACGGGTGGGATATATTCAGGTTGACCCGGTGAGTGGTGATCAGAATTTATATCAACGGGAATACCGTGAGCAACTACACACAGCTTTGGGTGGTGTTGATCCGTTGGGGATTCGTTCTGGTGCGACGGCATATGAAATCAAAGTAAGAAGTGGTTCA >PredictedProphage1 -Hit 2 CTGAGTATTCTTGCACCTAGAGGTAGTGCCAAGAGTACCTGGATTGCTATGTGGGTGGCGTGGGTGATTGGTCACAATCCCAGTATTCAGATTATTTATGTTTCTTACTCTGAATCTGTCGCCTTATCTCGTAGCCGCATCATCAAGCGAATTATTGAGAGTCCCAAGTATAGGGAAGTTTTCCCAAATGTATTACCGGGTAAAAGGTGGAGTGATACCGACTGGGAAATTAGAAAGGATTTTGCAGGTGTTGACAGCCTGGATTCTGACTACACCTTTTACGCCACAGGTATCACTGGAAGTATCACCAGCCGCCGTAGTGATTTGGTGGTCTACGACGACATTATTAAGTCTTCTGAATCAATTGAGAATCCAGAAGTACGCGAGAAAATTACCACCAACTATTCAGAGGTAATCAGGCCTACTCTCAAGCCAGGGGGGAGACAGGTCAATATTGGGACTCGCTTCCGTGCCGATGACATCCACTGTACTGATTTCATTCCGGCGAAGGGATGGAAGCAAATTGTACAGCAGGCAATTGTTGATGATGATGACGGTAAGGAAGTAAGTTACTGGCCGGAACGCTTCACCCTGGAAGAATTGCAAGCACTGAGGGAAGATAGCCCGGTCGCGTTTAGCTTCCAGTATCAAAACCGGGTAATGCGGAGTTCTGAAACCTCCATTGACCCACTGTGGATCAAGCATGGTGAATTCCCCGATCATTTTGACTCGCTGTGTATCGGTGGGGATTTGTCAGCATCACTCAGAGAACGGGCTGATTACACGGTGTTTGTTTTGGGTGGTCGAGTTGGCAACAAGTTTTACATTCTCGACATCCGGCGGGGTCGGTGGAGTGGGAATATTGAAAAGCTCGACCAGATTATTGAACTGTGGGCAGACTGGGGAGAGTTGCCAATAACACTGTGCGCTGAGGCTGTGGCTTATCAAAGTTCCTTGAAGGGTGACTTTACTCACTACTTGGTGAATGAGAAGCAGATTTTTAATATTCAATACCAGCAGCCGACGACTAAAGGGGATAAGTTGCAGCGACTGCGCGGGGTGTCGGGGTTATTTCAAAATGGGCTAGTTACCTTTAACCAATACCGGATGATGGGGCGGTTGGTTGATGAACTCATTAACTTTGGCGCGATGGATAAGGATGATTGTGTGGATGCTTTGGTTTATTGCTTAGTTGGGTTGATGGGTAGACGTAAG >PredictedProphage1 -Hit 3 ATGAACAAAGCAGAATTGATACAAGCAGTTGCCGCCAAAGCAAACGTCAGCCAAAAGCAAGCTGAGACAGTCCTTAACGCCACAACAGACACCATCGTTGAGACAGTCGCCAACGGTGGGAAAGTGATACTCGTTGGGTTCGGTTCGTTTGAAGCTAGGGCTAGAAAGGAGCGTGAAGGACGTAACCCCAAGACAAACGAAAAGATGATTATCCCAGCTACCACTGTCCCCGCCTTTAGCCCTGGTAAGCACTTTAAAACTGAAGTCACAGCT >PredictedProphage1 -Hit 4 TATTTTATTGACACAGAGTTCATTGAAGACGGTCAAACTATCGACTTAATCAGTATTGGTATAGTTTGCGAAGACGGGCGGGAATTTTACGGTATCAACTGGGATTGCGACTTCAAACACGCGAGTAAATGGGTCCAAGAGAACGTTCTGATTCATTTGCCATTTCGCCCGGTCAACGAACCAACCCCCAACACCCAAAACTGGTACACAAAAAAAGACTTGAAATTGGCTGTATTGGATTTTTTGGGATGCACTTACGGCACACCTGGGAGCTTATGCCCTGGCAAATATTACTTGTCAAATCACATCTCCAAGCCAGAGTTTTGGGGGTACTACGCTGATTATGACTGGGTTGTGTTTTGCCAACTATTCGGCAGGATGATTGACTTACCCCAAGGCTTCCCGATGTATTGTCGAGACATCAAGCAATGGTGCGACCAATTAGGCAACCCCAAGTTGCCCGAACAAGGCAAGGGTGAGCATAGCGCGATCGCGGATGCCAAATGGAAC >PredictedProphage1 -Hit 5 AAATCTGGTAATTTGGTGTGGCGACGGCTTTCTGATCAAGCTGTATTGTCAATCATGCTGGGACGGGGTGAAGAAGCAGGTATTGAGAATTTTACGCCCCACGATTTTAGAAGGACTTTTGCAGGTGACTTGCTGGATGCTGGGGTTGATATTGTGACTGTACAAAAGCTCATGGGTCATGCTGACCCGGCGACTACGGCGAAGTAT Predicted Protein Sequences: >PredictedProphage1 -Hit 1 PTLVTTRSRSEVLEAAAVSGFVPTVASQSGYYPSTNRSDPRERSQFDGGEKVASVIGGIGPDERVGYIQVDPVSGDQNLYQREYREQLHTALGGVDPLGIRSGATAYEIKVRSGS >PredictedProphage1 -Hit 2 LSILAPRGSAKSTWIAMWVAWVIGHNPSIQIIYVSYSESVALSRSRIIKRIIESPKYREVFPNVLPGKRWSDTDWEIRKDFAGVDSLDSDYTFYATGITGSITSRRSDLVVYDDIIKSSESIENPEVREKITTNYSEVIRPTLKPGGRQVNIGTRFRADDIHCTDFIPAKGWKQIVQQAIVDDDDGKEVSYWPERFTLEELQALREDSPVAFSFQYQNRVMRSSETSIDPLWIKHGEFPDHFDSLCIGGDLSASLRERADYTVFVLGGRVGNKFYILDIRRGRWSGNIEKLDQIIELWADWGELPITLCAEAVAYQSSLKGDFTHYLVNEKQIFNIQYQQPTTKGDKLQRLRGVSGLFQNGLVTFNQYRMMGRLVDELINFGAMDKDDCVDALVYCLVGLMGRRK >PredictedProphage1 -Hit 3 MNKAELIQAVAAKANVSQKQAETVLNATTDTIVETVANGGKVILVGFGSFEARARKEREGRNPKTNEKMIIPATTVPAFSPGKHFKTEVTA >PredictedProphage1 -Hit 4 YFIDTEFIEDGQTIDLISIGIVCEDGREFYGINWDCDFKHASKWVQENVLIHLPFRPVNEPTPNTQNWYTKKDLKLAVLDFLGCTYGTPGSLCPGKYYLSNHISKPEFWGYYADYDWVVFCQLFGRMIDLPQGFPMYCRDIKQWCDQLGNPKLPEQGKGEHSAIADAKWN >PredictedProphage1 -Hit 5 KSGNLVWRRLSDQAVLSIMLGRGEEAGIENFTPHDFRRTFAGDLLDAGVDIVTVQKLMGHADPATTAKY Prophage Finder Output Genome file: C:\Documents and Settings\Rob\My Documents\Phage\ProphageFinderResults\anabenavar.txt Sequence Header: >Contig229 Genome size: 35762 Host's GC content: 38.50 Predicted Codon Position GC: 1st: 50.58 2nd: 37.09 3rd: 32.84 >PredictedProphage1 Length: 11570 Number of hits = 6 GC Coding First Second Third 41.03 41.71 50.96 37.62 36.55 Codon Usage: AA Codon Total Percent Leu TTG 33 0.218543046357616 Leu TTA 45 0.298013245033113 Leu CTG 17 0.112582781456954 Leu CTA 20 0.132450331125828 Leu CTT 19 0.125827814569536 Leu CTC 17 0.112582781456954 Lys AAG 28 0.304347826086957 Lys AAA 64 0.695652173913043 Glu GAG 21 0.25609756097561 Glu GAA 61 0.74390243902439 Gln CAG 25 0.347222222222222 Gln CAA 47 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Predicted Gene Sequences: >PredictedProphage1 -Hit 1 TCAATCAAAGAACTAGGTATTCTCGAACCTCTGTTAGTGCGTCCGCTTCCTGGAGGCGATTATGAATTGGTAGCCGGGGAACGACGCTACAGAGCGGCAACAATGGCAGGATTAACCGAAGTCCCGATTGTTGCGAAGGCAATGGACGACACAATTACATATCAAGTGCGCCTCGTTGAAAATCTCCAACGC >PredictedProphage1 -Hit 2 ATTGCCCTATTTAACCAAAGTGGTGGCGTTGCCAAAACCACACTGACTCAAAACTTGGGCTACCACCTGGCACTCAAAAAACGTCGGGTTCTGCTTGTGGATATGGACCCGCAGGCCAGCTTGACCACTTTCATGGGGCTGGAATCCGACGAATTAGACCAAACTATCCAGCAAGCAATTGTTGACAATCAGCCATTACCCATCCATCCTGAGTTAATTCATGGTATGGCGCTTGTCCCTGCTGATATTAATCTCGCTGCCAGCGAAATGCAACTAGCAAGTGCCATAGCCAGAGAATATCGTCTCAAAAATGCACTTACTACAGTACAGGACAAATACGACTTCATTCTAATTGACTGTCCCCCTTCCTTGGGTTTACTCAGTATCATCAGTTTGACAGCTGCAACTCACATTCTCGTCCCCATCCAGTGCCAATTTAAATCATTCAAGGGGACAGAACTTTTACTTAGTACGGTAGCCCAAGTTCGCAGTCACACCAACCCC >PredictedProphage1 -Hit 3 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>PredictedProphage1 -Hit 4 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>PredictedProphage1 -Hit 5 GAGGTTTCCCCTTATACTAAATCTAACCAGATTTTGATGCTACGGTCGCTGTGGAGTTACGGATCTGCTGAGAATATTGGCTATTTTTTGCGGAATATTGCTAGTACCATAAATTACGATAATTTCAGTAATTTACCCAAAGCAGAGCGTTATTTAGAAGATTGGGAGATGGCGAAACTTGCTGATGCTGCCAAGCAGTTGAGTGGGAAGCACTGGCTGGTTTTTTGTTTGCTTTTTTATAGTGGAATGCGGGTAGGTGAAGTGGGTCGGGTGACAGTTCCAGGTGATGAAGCAGGTAAACCGAGGGAAGATTTTCCGGGTTTATATTGGCACAACTTTAAATGGCAATTTGACCCAGCGACGGATGATAGGCAACGTGGATATTACACTATCAAGTTTCGGGGTAAGGGTGGGAAGTACCGAGAAATTGGGTTGGACTACGAGACTTCTAAGTTGCTAAAAAAATACCGGGGGATGGCTAGTGACAAGATGCCAGTATTTCCCAATATGTCGCCTGACCCTAAAAAACGGGGGTTGCCGTTAAGCGATCGGGCGATTAAAAGGTTGATTCAGGATATCTCTGAGGTGGCGAAGGTAAAGTTTTCTTGTCACTGGCTAAGGCATTCCCACGCAACGAGGGCGGTTGATAGTAAACCACTGTTTGAGGTGCAAGACCAGTTGGGGCATAGTAAGAGTGACACTACCAAG >PredictedProphage1 -Hit 6 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Predicted Gene Sequences: >PredictedProphage1 -Hit 1 CTGGATGATGTTCAACCGACAGATTGGGCATTTCAGGTGCTTCAGTCTTTGATCTCTCGATATAACATTCTTACAGGCTATCCAGCCCAAACTTTTCGGGGCGATGTCTCACGACAAGCCGCTTTGCATCTAAGAGCAATGACTCGCGACGAATTTGCACTAGCATTGAACATAACACTTAAACAAATCAGC >PredictedProphage1 -Hit 2 ATTCCCCTGTACGGTACTTATGCAAAGATGGCAGGTTTTGGTAGTGGTGTTTCGGCGATCGTTTTCTCAACCTATATTGCAGGATTGGTGCCAACGCTGCTTCTGCTGGGTGGAGCCTCTGACCGGATTGGACGCAAAATTGTCATCCTCACAAGTTTGCTATTAGCTTGTGTCGCAACGTTTTTAATGATTGTTCAGCCGAATATCTACACGCTGTTCGTCACACGAGTTCTACAAGGAATTAGTGTTGGTTTCATGACTGGAACAGGAACGGCATACCTATCAGCGCTAATGCCACAAAATGCCACGAAGGTTGCTGCTTACGTCAGCTTAACTACTGCTTTGGGCTTTTCCAGTGGTGCGCTGTTTACGAATGCCACTTTGTTTTATCGCTATTCACTGGTGCCGCTTAGCTATTGGGTCGTCTTTATTCTCCTTCTAGGCTGTATTAGTTTAGCTATTAGTATTCCAGAACAG >PredictedProphage1 -Hit 3 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ACCCAAGAAAAAAGACCTCTGGGTATTCCCACAATGTATGACCGTGCATTGCAAGCCTTAGTCAAAATGGCACTAGAACCCGAATGGGAAGCACGTTTTGAACCTAATTCTTATGGCTTTCGACCAGGGCGTTCGGTGCATGATGCAATTAGTGCAATTTATCTTAATATCAAGCAAAAGGCAAAGTATGTGCTAGATGCTGATATTTGCAAGTGCTTTGAACGCATCAACCATGAAGCATTATTGACAAAACTGAACACATTTCCCAGCCTACGCCGTCAAATCAAAGCATGGCTCAGGGCTGGGGTGTTAGATGGAGATAGTTTATTTCCTAACCTGGAAGGGACACCACAAGGAGGCGTTATATCTCCTTTGCTGGCAAATATTGCCTTACATGGGTTAGAAAATCAGATTAAGATGGCATTTCCGCGAATAGACCGCAAAATTAATGGTAAGAAGCGGACAATTCGACCACCAGCCTTAATCAGATATGCAGATGACTTTGTGGTCATCCATGAAGACCTCTCCATAGTTCAAAAATGTCAAACTCTAATTGCTGATTGGTTAAAAGGCATCGGACTAGAGTTAAAACCAAGTAAAACATCTTTAACTCATACTTTCCAA >PredictedProphage1 -Hit 5 GCAACTTTATTAAAAGAGCAACAAGGTAAATGCGCTCATTGCGGACTCTTTTTCCGTGATGGAGATTTGATGGAAGTTGACCATGTTATTCCTAAATCTAGAAAAGGGAAAAACTCTTACAACAACCTCCAATTACTCCACCGCCATTGTCACGATACTAAAACTGTTACAGAT Predicted Protein Sequences: >PredictedProphage1 -Hit 1 LDDVQPTDWAFQVLQSLISRYNILTGYPAQTFRGDVSRQAALHLRAMTRDEFALALNITLKQIS >PredictedProphage1 -Hit 2 IPLYGTYAKMAGFGSGVSAIVFSTYIAGLVPTLLLLGGASDRIGRKIVILTSLLLACVATFLMIVQPNIYTLFVTRVLQGISVGFMTGTGTAYLSALMPQNATKVAAYVSLTTALGFSSGALFTNATLFYRYSLVPLSYWVVFILLLGCISLAISIPEQ >PredictedProphage1 -Hit 3 IEFLPPPKVQLGGLELMQQSFKKFKRLLTPRAKQYNLRVPKGIMLVGPPGTGKSHSAKACSQNMGIPLIMVDWGNFRSFGNQAEMKLKRLLRLADRLNQVILYFDDFDKGFAGDDDLAKRLAGQLLTWMQERTSDVLVIASVNRMEWLPPELTRAGRFDYLFKVDLPNNGERYSIFKLHAARFDERFRNGGDPWSEEQWRRILKATNRCVGAEIQTIVERAA >PredictedProphage1 -Hit 4 TQEKRPLGIPTMYDRALQALVKMALEPEWEARFEPNSYGFRPGRSVHDAISAIYLNIKQKAKYVLDADICKCFERINHEALLTKLNTFPSLRRQIKAWLRAGVLDGDSLFPNLEGTPQGGVISPLLANIALHGLENQIKMAFPRIDRKINGKKRTIRPPALIRYADDFVVIHEDLSIVQKCQTLIADWLKGIGLELKPSKTSLTHTFQ >PredictedProphage1 -Hit 5 ATLLKEQQGKCAHCGLFFRDGDLMEVDHVIPKSRKGKNSYNNLQLLHRHCHDTKTVTD >PredictedProphage2 Length: 6299 Number of hits = 5 GC Coding First Second Third 39.61 42.54 52.45 37.06 38.11 Codon Usage: AA Codon Total Percent Leu TTG 8 0.140350877192982 Leu TTA 12 0.210526315789474 Leu CTG 8 0.140350877192982 Leu CTA 14 0.245614035087719 Leu CTT 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TAGATCCGCTTTGATGCCCCAGGCACTTTGATAGCGATCCTCCGCATTTTTCGCCATCAACTTCAAAATTATGCCTGAAATAGGTTTGGGAATCGTGGCGTTCAATTCATGCACAGGAATCGGCGGTTTGGCAATATGGCAATGAACTAGCTCTAGGATGTCTTGAGTGGGGAACGGTAGCTGTCCAGTTAACAGTTCGTAGAAGGTTACGCCCAGCGAGTAGAAATCGGTGCGATAGTCGAGCATCCGATTCATCCGCCCGGTTTGCTCTGGCGACAGATAGGCAAGCGTGCCTTCTAACACATGGGGACTTTTGAACGTCGGATTGGTGCGGTTAAATTGGGTCGCAACCCCAAAATCAATAATTTTGACAACGCCAGTATCCAGATTAAAGACTATGTTTCCAGGGTTGATATCTTTATGAATGATATTGGCTGCATGGATTCTGCCCAGAATGTCGCAAAGGGCGATCGCAATACCAAGAAAAGTGGATAAAGGCATCGGGCAGAAAATATCTGGACGCTTTTGCATCCATTTTTCTAGGGACTCTCCCCCAAAATCTTCTAAGAGAATCACCAGAGTGCGTTGATAGTCCTGCTGGCTGTATGCCTTGATAACTCCTTCCAGATTCAGGGAGCGAATAATTTTATATTCCTGTCTGTAGCGGGTTAGTTCTTGGGGAGAGGGATAATCAAGCTTTAGCATTTTTACGACGATCTCTACTCCATCCTCTCTAATGCCCCGGTACACTAGAGAATTGGAACTTTCGTATATTTTGTTTTGGATAGCAATACCAGGCAGAGTGATCATAGAGCAACTCTTGAAAGGATAATCTGGTACACCTCAAACTATACAGCAATCCAGCTATCACATTTTTCATCTTCTGAAATTTTATCAAGATAGGGAAGAAGGGGGGAATTAAACAATTTATCAAGGGTAACAATACCTTCGCCAATTTAAGAGGGTGAGTTGATGTACAAACTCCCATTTCTCCGAAGCTGGGCAAAAACAATCAGTCCTAAAAATTCCTTCCAGGTTTATCGCAAGGCTTTTTTAATTTTTGTAGACTCTTCTTTTGGCAAAAGTATTGTATAAATAAGTATTTTTTCATAAATATAAATTTGTCTTTATTAACCAACAGCAGAATATTAATTATTGCTTTCCACTCAACCGGCCTGTTTGATAAAAATCAAGCAGGTTAGGGAAAGCTTTTTCTAGCAACCAGTTCCGCCCAATTTCTGATTCGGGAATATTTGAAGCAGCCATGTAATAAGCACTTCTGTAAGCAGCTACACCTAAACAAGCTTGTAGGCTGGATATAGCCCGTGAAGAAACTGGAATAGCCATCAAATCTTGTATATGACTGGGATGATAATTTTGTCCTACCAGTAAAAAATGAACTAAAGTATGAACCAACCGGGATAAAACAACTGTTCGGTCTTGCCAACGTTCTAAACGGGTCTTCATACGGAAGTAATCAGGTAAATCAGCTGCTAGAGATTCATCAAGGAACAAATCGCTTTGGCTTTCGATAAAATTAGAATCCAGACCTATAAATTGTTTGAGAAAAACAAGCGTTTTGCCCCAACGTTCGTGTTCCTTAGTTTCAGGAGAGAACGCACCTTCTGAATAATGTGAAGCATACTTTTCTTGAAGCTGTACAACCGCCTCTTGGTTAATATCACCTTGCCAGTCAGATTCAACAAAAAACTCTTTTAAAATATCTTGCAAGTAGATGGATGAAAACTCACAAATATCTGGTGCTTCATCATCAAAATCGTCTTCATAAGTATCAATAAGGAATTTCTCTAATTTGATTTCTAGCTCTTGCTTTCTATTAACTGGCAGTAATGATTTAGCGTCTTCTAATGATAAAGGAAAATCTAAATAAGGATGACCTTTGGCTAAGTAAGAATCACTCAAATCTGCCAAACTTTCAAGCGTAATAGTCCGGGCAAAATACTCATCTTGTGGGTGTACACATATCCCGTCTAATTCCTTATCCACCAACATCATAGTAATTGCCAGTAGAGCAAACCATGAAGCATCGTGCAAACAAGTCGGTAAATCAGCAATTAAATCTACTAACTTCAGTTCTAGAATTTCTCCCCAAACGCCTATCCTAGCGGTATTAGAAACATCACAAAAATGCTCGACCTCTTCTCCAACAGATGTCTCTCCTAACCACGTAAGATTTTCTACTTGCAAAGGTGAGGAGTAGTCAGGTGTTAGCCGATTTTGGCTGTCCTCATCGAACTGTATCCACATCAAAGCCAAGAGTATCAGCTTACAAATACTTACTCGCTTCACGAGAAGATATTCAAGCATAAGTCATTACTTATAATTTTTAGATACATACCACGCTAATTGCGATCCCACCATAGCACAGGATTATTAGCCGTTCCTTAGTAAAAACCGCAATGGTATGAGAAACAGGGATAAAAAATAACTCACAAGTATGAATCAAAAAGTGTGCTTTAAATAAAACAATTCGTCAAAATGATAAATCCTAAAAGAACTAATGCTGACGCAGCAATAAGAGAAATATATCAATTCTCGCGTTATGAACTATATCAACAAAGTCATGCTAGTTGGCAGATGTGGACAAGAACCCGATCTAAAATTTTTCGAGTCGGGCGCAGTTAAAGCTTCAATCTCTATTGCAGTAAGACCACCCTACAGAAGTGAACAAGCTCTTTGGTTTGATTTAGTCGCTTGGGGAAATCAAGCAGAAGTGATTGGAAATTACGTTCGTAAAGGAACTCAAATTGCAATTACTGGTGAGTTTGGATTTGATCGTTGGGCTGATAAAAATTCTGGCACTATGCGGCAAAAGCCTGTAATCACAATCAACACCATCGAATTACTAGGTTCACCCCGTAAGGAAGAATCTACATCTACTTCTTTACCAAACGAAACACAGGCTGTAGCTAACGCAAATTTCTAGAAAGTTACAAATCGCTTATGCAGTATACATCATAGGCGATTAACCATCTAATCAATCTACAAATCAAACGACCATGATTCATAATACTGCAACTATTAATCTTAAATCAGTGAACACAACCCACGACAAAGAAGGTTCCTTGATTGCTTTTGGAATTGCTGAATTCTACTATCGTTCAAAGGAAGGAGTCGTTACTGACGAGATACCATTCCGTTCCAAGGGCGCACCTGCTGTCGTTATCAACGAACAGGGGGAAGGCGTACATGGTACAGCAGAAGGATATCTTGATTTAGTAGTGGATAACAGGGGTGAGTACAAAGAAAAAATTGCCACATTCGTAATTAGAAACTTTATCTCAACACAACCGATTAACGAACTCACCCAAGTTAGCAAAAACTCTCACTCGCCTGAAACTCCCGATTTTGCCAAAGAACTACTCGAAGATAACGTTACTTCGACAAATGAAGACCTAGACGAAGAACCTCCATTTTAGAACCAATTAACTGAATAATGCTAGTCCAGGCAGGTTTACTGGTTTGAACTAGCGTTATTTTTTTTCAAAAATCCAAAATAAAAATCCACTGTTTGGTAGAATCGCTGACATGGGTTCACAAAATCGCTTCATTAATATATGTCATCAACCAAAATAATTGCCACTTTCAATCAGTCAGGTGGTGCAGCTAAAACGACTATTACACACAATCTTGGATACCACCTTGCTAAAAAACACCGTGTACTGCTTGTGGATATGGACCCACAAGCATCACTAACAGCTTTTATGGGATTAGGGGAAGTCAAGCTGCAAACTGAACAAACTATCTATGGTGCGATCGCTGAAGAAACTCCCCTGTATATATGGGAAAAACCTATTCACGGGATGCACTTGGTACCAACAAATATCCAATTGGCAGGTACGGAGCAAAAAATTTTTCATGACTTGACCATCGACAACCGCCAACGGCTCAAGTTTGTGCTATCAAATGTACTTGACCAGTATGATTATATTTTGATTGATTGCCCGCCTTCTCTAGGAATCCTAAGCATTATGAGCTTAGTCGCTGCTTCACACGTTATTATTCCTGTTGAAACACAATACAAATGCTATCTCGGCACCAACCAACTGCTAGAAACAATTGCCCGGCTCAAAAAAGGAGGACACCAAAAATTACAAATTGCCTGTATAATTCCAACCAAATACGATAATCGTAATCTTCAAGACACAGGAATACTGGAAGAAATTAAACAACAGGTTGAAGGACGGATACACGTTACTGCCCCCATTCCTAAATCAACAGCTTTTCCTGACGCAACCCAAGCACATCTACCACTTGCACTCCACAAGAAAAACCACCCCGCAGTTAGCATACTCGAAGAAATTACAAAATATATTACTCAACTGTCAGTAACTCAGGGACAAAGCCACTGAGCTTGTAAGAGAAATCAAGCAAGCTGTACTGACCAGTCTAAGTCTTAACTGACTACGTTTTTTGAGTCACGACACCGGAGAATGCGAAGCTAGTTTTCCGCTCTGTCATTTGCAATTAAACAGTTTTAAAGTCACTGAAACAGTGTTGCAAGTGTAAAAAGCTCTTAAAACATTGACGAAGCTAACATTACCCGCAAGGAGGGACTAATGTCCAAAGTATTTGTTTTAGATACCGAAAAAAGACCCTTAGACCCAATTCATTCGGCGCAAGCTAGACAGTTATTACGAAACAAAAAAGCAGCAGTATTTCGGCGTTTTCCTTTCACAATTATTCTGAAAGAATCTAGAGCAGATGCATCTGTATCTGACTTGAGAATTAAGCTAGACCCTGGAGCTAAAATAACGGGAATAGCATTAGTCAATGATTCCACAGGTGAAGTAGTTTTTGCTGCTGATTTAAAGCATAGAGGCTTCGCTATCAGAGATGCTTTGATTTCCAGAAGGCAACTAAGACGTACTAGGAGGAATCGCAAAACACGATACAGAAAACCCAGATTTCTCAACAGAACTAGATCAGAAGGATGGTTAGCTCCTAGCCTTATGAGTCGGGTTCACAATGTTGAAACA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Predicted Gene Sequences: >PredictedProphage2 -Hit 1 CTGGGCAGAATCCATGCAGCCAATATCATTCATAAAGATATCAACCCTGGAAACATAGTCTTTAATCTGGATACTGGCGTTGTCAAAATTATTGATTTTGGGGTTGCGACCCAATTTAACCGCACCAATCCGACGTTCAAAAGTCCCCATGTGTTAGAAGGCACGCTTGCCTATCTGTCGCCAGAGCAAACCGGGCGGATGAATCGGATGCTCGACTATCGCACCGATTTCTACTCGCTGGGCGTAACCTTCTACGAACTGTTAACTGGACAGCTACCGTTCCCCACTCAAGACATCCTAGAGCTAGTTCATTGCCATATTGCCAAACCGCCGATTCCTGTGCATGAATTGAACGCCACGATTCCCAAACCTATTTCAGGCATAATTTTGAAGTTGATGGCGAAAAATGCGGAGGATCGCTATCAAAGTGCCTGGGGCATCAAAGCGGATCTA >PredictedProphage2 -Hit 2 ATCAACAAAGTCATGCTAGTTGGCAGATGTGGACAAGAACCCGATCTAAAATTTTTCGAGTCGGGCGCAGTTAAAGCTTCAATCTCTATTGCAGTAAGACCACCCTACAGAAGTGAACAAGCTCTTTGGTTTGATTTAGTCGCTTGGGGAAATCAAGCAGAAGTGATTGGAAATTACGTTCGTAAAGGAACTCAAATTGCAATTACTGGTGAGTTTGGATTTGATCGTTGGGCTGATAAAAATTCTGGCACTATGCGGCAAAAGCCTGTAATCACAATCAACACCATCGAATTACTAGGTTCACCCCGTAAGGAAGAATCTACATCTACTTCTTTACCAAACGAAACACAG >PredictedProphage2 -Hit 3 ATTGCCACTTTCAATCAGTCAGGTGGTGCAGCTAAAACGACTATTACACACAATCTTGGATACCACCTTGCTAAAAAACACCGTGTACTGCTTGTGGATATGGACCCACAAGCATCACTAACAGCTTTTATGGGATTAGGGGAAGTCAAGCTGCAAACTGAACAAACTATCTATGGTGCGATCGCTGAAGAAACTCCCCTGTATATATGGGAAAAACCTATTCACGGGATGCACTTGGTACCAACAAATATCCAATTGGCAGGTACGGAGCAAAAAATTTTTCATGACTTGACCATCGACAACCGCCAACGGCTCAAGTTTGTGCTATCAAATGTACTTGACCAGTATGATTATATTTTGATTGATTGCCCGCCTTCTCTAGGAATCCTAAGCATTATGAGCTTAGTCGCTGCTTCACACGTTATTATTCCTGTTGAAACACAA >PredictedProphage2 -Hit 4 CAACAAGGTACGTTAGCTGGATATGAAACCAGAGAATTTCTTCTAGAAAAATGGAACAGACAATGCGCCTATTGTGGTATCAAAGATATACCTTTACAGATTGAACACATTCACTCACGCTCAAAGGGAGGTTCTAATTCAATCACTAACCTTACTTTGAGTTGCGAAAAATGTAACGTCAAAAAAGGGACTAAAGATATTAAAGACTTT >PredictedProphage2 -Hit 5 TTATCTCAAATTATCCTTCCGCCGAGTCAGCCTCGTCGTTATTTTGACCCTGTAAAACTCAAATCACTCGCTGACAGTATCAAGGAAGTAGGGTTACTAGAACCCATTGTCGTTAGAAAGATTCAGGAAGACAAGTACGAGATGGTCGCTGGTGAACGCCGTCTCAAAGCTTGTGAAATAGCAAAACTTGAGGCAATACCCGTAGTCATTATTGAGTGCGACGAGAAAAAAGCTCGTAAACTACGCTTAGTTGAAAAC Predicted Protein Sequences: >PredictedProphage2 -Hit 1 LGRIHAANIIHKDINPGNIVFNLDTGVVKIIDFGVATQFNRTNPTFKSPHVLEGTLAYLSPEQTGRMNRMLDYRTDFYSLGVTFYELLTGQLPFPTQDILELVHCHIAKPPIPVHELNATIPKPISGIILKLMAKNAEDRYQSAWGIKADL >PredictedProphage2 -Hit 2 INKVMLVGRCGQEPDLKFFESGAVKASISIAVRPPYRSEQALWFDLVAWGNQAEVIGNYVRKGTQIAITGEFGFDRWADKNSGTMRQKPVITINTIELLGSPRKEESTSTSLPNETQ >PredictedProphage2 -Hit 3 IATFNQSGGAAKTTITHNLGYHLAKKHRVLLVDMDPQASLTAFMGLGEVKLQTEQTIYGAIAEETPLYIWEKPIHGMHLVPTNIQLAGTEQKIFHDLTIDNRQRLKFVLSNVLDQYDYILIDCPPSLGILSIMSLVAASHVIIPVETQ >PredictedProphage2 -Hit 4 QQGTLAGYETREFLLEKWNRQCAYCGIKDIPLQIEHIHSRSKGGSNSITNLTLSCEKCNVKKGTKDIKDF >PredictedProphage2 -Hit 5 LSQIILPPSQPRRYFDPVKLKSLADSIKEVGLLEPIVVRKIQEDKYEMVAGERRLKACEIAKLEAIPVVIIECDEKKARKLRLVEN >PredictedProphage3 Length: 10348 Number of hits = 5 GC Coding First Second Third 40.63 42.76 55.63 37.59 35.06 Codon Usage: AA Codon Total Percent Leu TTG 15 0.178571428571429 Leu TTA 29 0.345238095238095 Leu CTG 12 0.142857142857143 Leu CTA 7 0.0833333333333333 Leu CTT 14 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